Finanziert wird der MOONLINER primär durch Verkehrserträge. 2010 konnte ein Kostendeckungsgrad von 77 Prozent (Anteil Verkehrsertrag an den Gesamtaufwendungen) erzielt werden. Das Einnahmedefizit der Fahrten wird grundsätzlich durch die bedienten Gemeinden in Form eines Kostendachs gedeckt. Der MOONLINER-Betrieb wird zu einem Teil auch durch Sponsorenbeiträge (Die Mobiliar, Berner Kantonalbank BEKB-BCBE, Jungfraubahnen, RUAG) sichergestellt. Von den Kantonen und vom Bund erhält der MOONLINER keine Beiträge, weil die Angebote nach Mitternacht nicht abgeltungsberechtigt sind.

Insgesamt haben die MOONLINER-Busse 2010 rund 240'000 Personen befördert, was eine Zunahme von drei Prozent gegenüber dem Vorjahr bedeutet. Davon fuhren 233’800 Personen in den Wochenendnächten und 6’200 Personen in den Donnerstagnächten. Pro Wochenendnacht sind das durchschnittlich fast 2’200 Fahrgäste auf dem gesamten MOONLINER-Netz.