Finanziert wird der MOONLINER primär durch Verkehrserträge. 2011 konnte ein Kostendeckungsgrad von 79 Prozent (Anteil Verkehrsertrag an den Gesamtaufwendungen) erzielt werden. Das Einnahmedefizit der Fahrten wird grundsätzlich durch die bedienten Gemeinden in Form eines Kostendachs gedeckt. Der MOONLINER-Betrieb wird zu einem Teil auch durch Sponsorenbeiträge (Die Mobiliar, Berner Kantonalbank BEKB-BCBE, Jungfraubahnen, RUAG) sichergestellt. Von den Kantonen und vom Bund erhält der MOONLINER keine Beiträge, weil die Angebote nach Mitternacht nicht abgeltungsberechtigt sind.

Insgesamt haben die MOONLINER-Busse 2011 rund 267'000 Personen befördert, was eine Zunahme von elf Prozent gegenüber dem Vorjahr bedeutet. Davon fuhren 260’200 Personen in den Wochenendnächten und 6’800 Personen in den Donnerstagnächten. Pro Wochenendnacht sind das durchschnittlich fast 2’450 Fahrgäste auf dem gesamten MOONLINER-Netz.